南京大学现代生物研究院 韩瑞琦课题组 博士后招聘

研究院简介

南京大学现代生物研究院，简称"现代生物院"(Institute of Modern Biology, Nanjing University; IMB)，成立于2020年7月，位于六朝古都南京。现代生物院聚焦于创新型生物医学前沿基础研究，鼓励和支持开拓性、系统性的科学探索，致力成为拥有一批国际公认学术权威和"学者型研究环境"的国际一流生物医学研究中心。

实验室课题组简介

韩瑞琦教授，2007-2011年在荷兰奈梅亨获得生命科学本科学位，随后于2011-2013年在荷兰阿姆斯特丹攻读癌症学硕士。2013年加入荷兰癌症研究所Reuven Agami院士团队从事基因转录调控与蛋白质翻译效率之间系统性关联的博士研究，在此期间首次开发了针对非编码基因组及增强子的CRISPR筛选方法。2019年加入荷兰皇家科学院发育生物学与干细胞研究所从事三维基因组调控及黏连蛋白相关的博士后研究。其研究成果发表于Cell， Nature biotechnology，Molecular cell，Genome biology等国际期刊。 2025年加盟南京大学现代生物研究院，建立基因组结构调控实验室。

韩瑞琦教授长期致力于探究表观遗传对基因转录及细胞功能的影响。在相关领域取得了一系列原创性成果。1. 首次通过系统性的研究来揭示在细胞中基因转录过程与蛋白质翻译效率之间的直接关系，并通过m6A相关的RNA修饰来解释了其中的关键机制（Cell, 2017）。2. 建立了首个针对非编码基因组的CRISPR文库来对人类基因组的增强子区域进行功能性筛选，并发现了数个具有显著细胞功能的增强子 （Nature biotechnology, 2016; Genome biology 2018）。3. 首次在细胞中开发了黏连蛋白定向装载并可实现正常蛋白功能的工具，同时揭示了若干黏连蛋白关键功能的原创研究 （Manuscript in revision, 2023）。

代表性论文

1. Ruiqi Han#*, Yike Huang#, Iwan Vaandrager, Amin Allahyar, Mikhail Magnitov, Marjon Verstegen, Elzo de Wit, Peter H. L. Krijger, Wouter de Laat*. Targeted cohesin loading characterizes the entry and exit sites of loop extrusion trajectories. (Manuscript in revision)

2. Boris Slobodin#*, Ruiqi Han#, Vittorio Calderone, Joachim AF Oude Vrielink, Fabricio Loayza-Puch, Ran Elkon, Reuven Agami*. Transcription impacts the efficiency of mRNA translation via co-transcriptional N6-adenosine methylation. Cell 169(2): 326-337. (2017)

3. Ruiqi Han#, Li Li#, Alejandro Piñeiro Ugalde, Arieh Tal, Zohar Manber, Eric Pinto Barbera, Veronica Della Chiara, Ran Elkon, Reuven Agami. Functional CRISPR screen identifies AP1-associated enhancer regulating FOXF1 to modulate oncogene-induced senescence. Genome biology 19: 118. (2018)

4. Gozde Korkmaz#, Rui Lopes#, Alejandro P Ugalde, Ekaterina Nevedomskaya, Ruiqi Han, Ksenia Myacheva, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami*. Functional genetic screens for enhancer elements in the human genome using CRISPR-Cas9. Nature Biotechnology 34(2): 192-198. (2016)

5. Niels J. Rinzema, Konstantinos Sofiadis, Sjoerd J. D. Tjalsma, Marjon J. A. M. Verstegen, Yuva Oz, Christian Valdes-Quezada, Anna-Karina Felder, Teodora Filipovska, Stefan van der Elst, Zaria de Andrade dos Ramos, Ruiqi Han, Peter H. L. Krijger, Wouter de Laat*. Building regulatory landscapes reveals that an enhancer can recruit cohesin to create contact domains, engage CTCF sites and activate distant genes. Nature Structural & Molecular Biology 29(6): 563-574. (2022)

6. Li Li, Alejandro P Ugalde, Colinda LGJ Scheele, Sebastian M Dieter, Remco Nagel, Jin Ma, Abhijeet Pataskar, Gozde Korkmaz, Ran Elkon, Miao-Ping Chien, Li You, Pin-Rui Su, Onno B Bleijerveld, Maarten Altelaar, Lyubomir Momchev, Zohar Manber, Ruiqi Han, Pieter C Van Breugel, Rui Lopes, Peter Ten Dijke, Jacco van Rheenen, Reuven Agami*. A comprehensive enhancer screen identifies TRAM2 as a key and novel mediator of YAP oncogenesis. Genome biology 22(1): 1-28. (2021)

7. Boris Slobodin, Anat Bahat, Urmila Sehrawat, Shirly Becker-Herman, Binyamin Zuckerman, Amanda N. Weiss, Ruiqi Han, Ran Elkon, Reuven Agami, Igor Ulitsky, Idit Shachar, Rivka Dikstein*. Transcription Dynamics Regulate Poly(A) Tails and Expression of the RNA Degradation Machinery to Balance mRNA Levels. Molecular Cell 78(3):434-444. (2020)

8. Li Li, Pieter C van Breugel, Fabricio Loayza-Puch, Alejandro P Ugalde, Gozde Korkmaz, Naama Messika-Gold, Ruiqi Han, Rui Lopes, Eric P Barbera, Hans Teunissen, Elzo de Wit, Ricardo J Soares, Boye S Nielsen, Kim Holmstrøm, Dannys J Martínez-Herrera, Maite Huarte, Annita Louloupi, Jarno Drost, Ran Elkon, Reuven Agami*. LncRNA-OIS1 regulates DPP4 activation to modulate senescence induced by RAS. Nucleic Acids Research gky087, https://doi.org/10.1093/nar/gky087. (2018)

9. Jianhui Sun, Remco Nagel, Esther A Zaal, Alejandro Piñeiro Ugalde, Ruiqi Han, Natalie Proost, Ji-Ying Song, Abhijeet Pataskar, Artur Burylo, Haigen Fu, Gerrit J Poelarends, Marieke van de Ven, Olaf van Tellingen, Celia R Berkers & Reuven Agami*. SLC1A3 contributes to L-asparaginase resistance in solid tumors. The EMBO Journal 38(21). (2019)

10. Ruiqi Han, Boris Slobodin, Reuven Agami. The Methylated way to translation. Oncotarget 8(55): 93313-14. (2017)

11.Florie Borel, Ruiqi Han, Allerdien Visser, Harald Petry, Sander J.H. van Deventer, Peter L.M. Jansen, Pavlina Konstantinova, with collaboration of the Réseau Centre de Ressources Biologiques Foie (French Liver Biobanks Network), France. Adenosine triphosphate‐binding cassette transporter genes up‐regulation in untreated hepatocellular carcinoma is mediated by cellular microRNAs. Hepatology 55: 821–832. doi:10.1002/hep.24682. (2012)

招聘岗位：博士后科研人员

一、岗位要求

1、博士后应聘者应在表观遗传研究方向，分子细胞生物学等相关领域已取得或即将取得博士学位，具有表观遗传学等研究背景；博士期间受过良好的科研训练，以第一作者身份在国际重要刊物上发表领域内有影响力的论文。

2、有科研热情，具有独立开展科研课题的能力和良好的实验操作能力；具有较好的英文阅读和写作能力；

3、具有独立申请基金的能力，并参与实验室的项目申请；

4、善于交流和沟通，富有团队合作精神。

二、岗位待遇

1、工资待遇：有竞争力的年薪，积极支持并推荐申请各种基金与博士后项目，特别优秀者一事一议；优先支持申报南京大学2025年度“毓秀青年学者计划”，入选者年收入可达30万以上。

2、所聘人员的人事、工资、保险、福利等参照国家对事业单位的相关规定，以及南京大学的相关规章制度执行；

3、博后/专职科研系列公寓，住房补贴；

4、享受学校同等职工福利待遇。

三、申请方式

请应聘者将个人简历，简要的未来研究计划或方向，发表的文章及相关学历学位证明材料等合并成一个PDF文件形式发送至***************。格式"姓名-博士后申请"。另请至少提供两封推荐信（≥2），由推荐人直接投递至***************。应聘材料将予以严格保密，不予退还。通过初审者，我们会尽快安排面试。期待您的加盟！