合肥华润三九医药股份有限公司（简称"华润三九"）是大型国有控股医药上市公司华润三九医药股份有限公司的分公司，前身为深圳南方制药厂。1999年4月21日，发起设立股份制公司。2000年3月9日在深圳证券交易所挂牌上市，股票代码000999。公司于2008年正式进入华润集团。2010年2月，公司名称由"三九医药股份有限公司"正式变更为"华润三九医药股份有限公司"。